按照国家中长期科学和技术发展纲要，结合国内外相关科学研究的特色和优势。根据南科大“建设国际化高水平研究型大学，成为我国重大科学技术研究与拔尖创新人才培养重要基地”的办学目标、国际化办学思路和科研基本架构，在南科大现有研究人才和引进创新团队的基础上，建立南方科技大学中子科学中心，并将中心逐步建设成为具有国际重大影响的学术高地、行业产业共性技术的研发基地、和区域创新发展的引领阵地，在国家，特别是深圳市的创新体系建设中发挥重要作用。
该中心紧密依托国家的大型科学装置--中国散裂中子源，将建成独具特色并科技领先的中子散射谱仪。谱仪建成后，将实现与中国散裂中子源的资源整合和有效利用，发挥中子穿透力强、对轻元素及磁自旋敏感等多方面独特优势，同时配套建设极端条件（热、压、声、光、电、磁）的实验平台及工程实施的模拟装置，实现可控条件下原位实时的结构学和动力学信息测量，可开展物理、化学、材料、生化、医药、地质等学科国际前沿交叉研究，解决相关的国计民生课题，并满足航空、航天、核电、军工等领域国家重大需求。为南科大、深圳、华南地区及国内外提供一个国内一流、国际先进的综合性科研平台。
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